W przypadku protez biofunkcjonalnych zwracamy szczególną uwagę na cały układ ruchowy narządu żucia. Często przed wykonaniem ostatecznych protez biofunkcjonalnych wymagana jest rehabilitacja na bazie starych protez akrylowych. Protezy standardowe często wykonane są w zgryzie nawykowym, który nie zawsze jest dla pacjenta dobry. Rehabilitacja ma na celu przywrócenie odpowiedniej pozycji żuchwy w stosunku do stawu skroniowo-żuchwowego oraz zniesienie napięć mięśniowych. Kiedy sytuacja w stawie i mięśniach jest już stabilna możemy wykonać protezy ostateczne.

Procedura jest bardzo dokładna. Rejestrowane są ruchy żuchwy pacjenta, dzięki czemu proteza umożliwia optymalne pozycję stawu skroniowo-żuchwowego. Zęby w protezie ustawiane są w taki sposób, aby wszystkie ruchy żucia dodatkowo stabilizowały protezę na podłożu. Protezy mają większy zasięg, dzięki czemu lepiej utrzymują się na błonie śluzowej. Kształt zębów dobierany jest indywidualnie do pacjenta, a więc efekt estetyczny jest bardzo zadowalający. Używamy najczęściej zębów kompozytowych, które są dużo bardziej estetyczne i naturalne. Charakteryzowane jest również dziąsło.

W związku z dużym zindywidualizowanym protez biofunkcjonalnych proces ich powstawania wymaga więcej czynności zarówno w gabinecie, jak i w laboratorium technicznym.